空氣由空氣濾清器濾去塵埃之後，經由進氣閥進入主壓縮室壓縮，並與潤滑油混合，與油混合的壓縮空氣進入油氣桶，再經由油細分離器、壓力維持閥、後部冷卻器，氣水分離器、送入使用系統中。
本文以某品牌空壓機為例，簡要介紹螺旋式空壓機的系統流程，資料及配件僅做參考。
冷空氣經由一軸流風扇抽入，吹過冷卻器的散熱翅片，與壓縮空氣及潤滑油做熱交換，達到冷卻的效果。此冷卻系統的最高允許環境溫度為45℃，超過則系統有引起跳閘的可能，如放置場所在高溫鍋爐邊等。
冷卻水的水溫設計基準為32℃，所以冷卻水循環系統設計必須特別注意。
尤其是冷卻水水質必須符合一般工業用水標準以上才可，儘量避免使用地下水。
若水質差則冷卻水塔須定期加清洗劑來清洗沉積物，以免影響冷卻器的效率及壽命。
冬季時，常溫在冰點以下地區，機組停機後，必須將冷卻器中的冷卻水排放乾淨。否則會凍裂冷卻器。
空壓機系統內共有二個主要電動機，一為空壓機驅動主電動機，二為冷卻迴圈 風扇電動機。電動機在一般正常狀況下，其運轉電流均不會超過額定電流的10%，（例如因電壓降，三相不平衡等因素）。當電動機運轉電流超過電力保護裝置 所設定之上限時，過電流保護裝置會自動切斷主電源，空壓機停機。
一般電動機超載之原因：人為操作失誤。如自行調整排氣壓力、系統調整不當等；機械故障： 如電動機內部損耗、電動機欠相運轉、安全閥不動作、系統設定失效、油細分離器阻塞等。
如果在運轉中發現電動機有超載之情形，應即刻與製造廠商聯絡，派員前往檢查，確實查明原因，否則電動機燒毀就得不償失了。
系統所設定的最高排氣溫度為105-110℃，若超過則系統自行切斷電源。一般排氣溫度過高的原因很多，但最常見的原因是油冷卻器失效。風冷式油冷卻器若散熱翅片被灰塵堵塞，冷風無法自由通過冷卻器則潤滑油會逐漸上升而導致高溫停機。因此每隔一段時間即須利用壓力空氣清除散熱翅片上灰塵，若翅片上堵塞物無法吹乾淨，最好用清潔液或容劑清洗。
水冷式空壓機一般則因冷卻銅管積垢堵塞導致傳熱效率降低，而致高溫跳閘。空壓機設計最高環境溫度為45℃，若環境溫度愈高則排氣溫度愈高，因此選擇一個環境溫度低且通風良好之場所放置空壓機是必要的。當智慧控制器檢測到溫度超過設定值時，即自動切斷電源。此時無法再次啟動系統，除非重新設定一次。為儘量避免超溫停機，系統應設置預警裝置。當排氣溫度達到100-105℃時，控制器會發出預警信號來提醒操作人員注意。
系統排氣壓力超過額定排氣壓力0.5bar以上時，系統將自行切斷電源。當用氣量為零（供氣閘閥關閉），泄放量小於進氣量時，系統壓力將迅速上升致使安全閥動作放氣。為避免安全閥頻繁動作，增加機器的安全係數，設置這一保護是必要的。
當系統油壓低於0.15-0.2MPa時，壓力開關發出信號，使電機停止運轉，保護主機不會缺油而燒損。
共有3種報警裝置：空氣濾清器阻塞、油篩檢程式阻塞、油細分離器阻塞均顯示在液晶面板上。當面板有故障指示時，即表示某篩檢程式已經阻塞，使用者必須在最短時間內更換備品，否則將影響空壓機的性能及安全運行。
